话说鸿蒙初始，天地一片混沌虚无，若干年后，忽然生出一棵莲花，那青莲生五片莲叶，开花二十四瓣，结成一颗莲子。亿万年后，莲子裂开，乃生盘古大神，盘古大神因不满混沌中的无尽压抑，遂执开天斧将天地劈开。
天地初开后，由于天地不稳，盘古大神乃头顶青天，脚踏大地，每日身体长高一丈，同时天也高一丈，地也厚一丈，十万八千年后，天极高，地极厚，盘古大神有感于天地间万物虚无，便身化洪荒：左眼为日，右眼为月，头发化为点点繁星；血脉化为江河湖海，肌肉化成沃野良田；骨骼化为巨木，汗毛化为花草，筋脉化为通衢道路；牙齿化为金石，精髓化为珍珠；气为风云，声作雷霆，汗成雨露；
盘古大神倒下时，头与四肢化成了五岳，而脊梁却成了联通天地的天柱不周仙山，后来公共怒撞不周山，导致天残地缺，不周山随被称作昆仑山，原本的山体为东昆仑，为玉清元始天尊的道场，而被撞断的山体则堆积到了昆仑以西，仍以昆仑为号，称为西昆仑，为太清太上老君的道场。
在盘古大神倒下的瞬间，从身上逸出三道清气和十二道浊气。
三道清气上升化为太清太上老君、玉清原始天尊、上清通天道人。
十二道浊气下降化为十二祖巫，分别为：
蓐收：金之祖巫。
句芒：木之祖巫。
共工：水之祖巫。
祝融：火之祖巫。
天昊：风之祖巫。
玄冥：雨之祖巫。
强良：雷之祖巫。
翕兹：电之祖巫。
帝江：空间速度之祖巫。
烛九阴：时间之祖巫。
奢比尸：天气之祖巫。
后土：土之祖巫。
开天斧因承受不住开天的阻力，斧头化成了太极图、盘古幡，斧刃化成了诛仙四剑，斧柄化成了混沌钟，合称四大先天至宝！
而混沌青莲亦因天地开裂而毁损，二十四瓣莲花化成二十四片造化玉牒，上面记载着大道三千，后为鸿钧所得，并籍此悟道。
混沌青莲的五片叶子化成了十大先天灵宝为五行旗（中央戊己杏黄旗、东方青莲宝色旗、南方离地焰光旗、西方素色云界旗、北方玄元控水旗）、乾坤鼎、十二品莲台、山河社稷图、河图洛书、七宝妙树、天书（封神榜）、地书、冥书（生死薄）、红绣球；莲茎化为一万三千五百斤的如意金箍棒。
巫族天生能掌控各洪荒元素，尤以各种护体神通和灵魂攻击手段而知名，但是却不能生化，资质又普遍较低，所以大多千年万年而无法提升境界。
盘古左目所化太阳星中，帝俊携先天灵宝河图洛书出世，太一执先天至宝混沌钟而生，帝俊与太一曾于紫宵宫中听鸿钧讲道，修炼得一身超凡入圣的本领，后于三十三天外建立妖皇宫，帝俊自号妖皇、太一自号东皇，统领天下妖族，一时风头无两。巫妖两族是天生冤家，互斗几百万年，死伤无数，后来两族终为了争夺天地的统治权利，展开生死决战。结果十二祖巫尽皆陨落。
在陨落的十二祖巫中，烛九阴的元神得通天教主帮助，得以转世重生，号为祖龙，传下洪荒龙族一脉，育有四海龙族和旁支九族，即囚牛、睚眦、嘲风、蒲牢、狻猊、霸下、狴犴、负屃、螭吻。
而妖族的两位妖皇也尽皆陨落，后来东皇太一转世重生，道号太乙真人，拜元始天尊为师，但至宝混沌钟却从此下落不明。
实力大损之际，妖族幸存族人尽皆归顺妖族圣人女娲、伏羲，后女娲造人，伏羲见女娲因抟土造人而成圣，为求证混元，乃转世为人，后因大功德为太上老君所点化，立地成圣，号为人皇。女娲则独掌天下妖族，并与人族建立同盟。
此后，巫族英雄蚩尤率众崛起，攻打妖族，彼时妖族首领炎帝率众反抗，却遭遇失败，乃向人族求救，人族轩辕黄帝率领人、妖两族共抗巫族，杀蚩尤及兄弟八十一人于中冀。
后元始天尊命广成子点化轩辕黄帝，使其飞升，并被允许在人族中传道，乃建阐教玉虚宫。而通天教主则受女娲所托，在妖族中传道，建立截教。
黄帝大战蚩尤之后千年，人、妖两族欣欣向荣，而巫族却不知所踪，鸿钧老祖乃命人族出身的准圣张百忍为昊天上帝，妖族出身的准圣西王母为瑶池金母，组建天庭，掌管整个三界，昊天上帝乃发符文，命十二仙首称臣，并着人、阐、截三教签押封神榜，册封三百六十五位正神。