神农隐退后，他的从神夸父和刑天认为是轩辕逼走神农，心生怨恨，反出部落，投靠蚩尤，并煽动蚩尤与轩辕征战。
蚩尤与轩辕战于涿鹿，此间入世修行的诸神、魔怪也卷入战争，最终，蚩尤战败被俘。
刑天作为罪魁祸首被轩辕斩首，刑天死后不甘，以乳为目，以脐为口，舞干戚仍要与轩辕一战。轩辕感其义勇，不忍将其彻底抹杀，立伏魔阵于常羊山，困住刑天。
而另一边的夸父却遇到了朱雀的从神金乌大将，二人棋逢对手，连战数日。
当夸父得知蚩尤、刑天全部伏诛后，自觉大势已去，不愿与金乌恋战，败阵而逃。
途中正遇到蚩尤怀孕的妻子和两个侍女，随手将她们救去，逃至极北之地。夸父自此不敢以真名示人，对外化名尤弥尔。
而蚩尤妻子也生下一个孩子，这个孩子慢慢长大。他以少主人的名义吩咐夸父，偷偷到九州捉一些人回来，自己要在这独立称王。
夸父起初还听从命令，这方领域也开始初具规模。可那孩子到了二十几岁，越发索取无度，最终夸父忍无可忍，将孩子斩杀并霸占了蚩尤妻子。
这时，这孩子娶的妻子也已然怀孕，蚩尤妻子偷偷掩护儿媳逃脱在外，又生下一子。
灵魂被囚多年的蚩尤感应到儿子被杀，又得知自己有了孙子，将来也难以逃脱被杀的命运。为了挽救后世，终于向轩辕服输。
蚩尤恳请轩辕，待到自己孙子长大后，引刑天之魂魄，投生为自己的玄孙，杀夸父报杀子夺妻之仇。
此时轩辕在太上指引下，已知道自己和蚩尤本是同源，见蚩尤悔过，自然答应。引刑天之魂降生为奥丁，后斩杀夸父报仇。
在当初轩辕和蚩尤争斗期间，天上诸神纷纷下界，西王母领从神九天玄女临凡，助轩辕争帝。
此间，西王母凡心大动，竟与轩辕次子张挥私生情愫，暗通曲款，生下一子张玉皇。
太元圣母得知西王母私自插手人间之事，上表帝夋，将其贬出仙班，于昆仑山面壁思过。但对其子张玉皇却甚是溺爱，授其仙法神通，封玉皇大帝，顶替其母，位列六御之中。
而此时东皇太一一心修行，也不想再管天庭诸事，辞去六御之位，命徒弟东极青华大帝顶替自己。
帝夋此时已经娶妻太阳星君羲和与太阴星君常曦，共生下七女四子。如今战事平息，四海升平，也到了自己入世重修的时机。
传令众神，选出新任天帝，治理天下。众人经多方访查，都觉得人间现任首领，轩辕的长子少昊玄嚣治理部落有方，可任天帝一职。
帝夋让位，转生为轩辕的曾孙，世称帝喾。玄嚣登临天帝之位，世称昊天上帝。
少昊玄嚣登临天帝之位，人间的首领便让于自家子侄颛顼。此事遭到共工反对，天上地下的首领岂能由你一家来做？
可由于轩辕多年来声望过高，如今虽然成了家天下，众人也不好提出异议。况且诸神本是同源，谁做帝位也无关紧要。
对此，共工却始终耿耿于怀。终于有一日，矛盾激化，共工要推翻颛顼成为人间首领。众神已经习惯了多年的清平，自是不许，联合起来镇压共工。
可共工一展露实力，惊煞诸神，竟不逊于当年烛龙之勇。众神见共工不服管教，又有如此恐怖修为，欲请太元出面调和。太元避而不见，说若我的四个子女危害世间，我自当出手，其他诸神你们皆出同源，若有间隙自行解决去吧！
诸神对共工束手无策，万般无奈之下形成群殴之势。这场大战不仅有太古众神参与，还有应龙、猼訑等各大从神和女魃、祝融等太古神的后代小神。
谁也想不到大战之际，竟有一位太古神临阵反水，相助共工，正是四牝凶神之一的女凶神混沌。
两位太古神的反叛，致使大战持续了数年之久，生灵涂炭，尸骨如山。共工终于因寡不敌众向西方败走，只因慌不择路，却忘了不周山高耸入天，一头将其撞断。这撞山之力也使他自己身遭重创，跌落尘埃。
这不周山本是盘古右臂所化，伸向茫茫宇宙，吸两仪之灵，补充息土，才得使九州无限膨胀。如今不周山倒，灵气外散，息土迅速萎缩。
九州大地锐减，海水极速上升，滔天洪水降临世间。诸神见数万年打造的锦绣红尘顷刻便要毁于一旦，每个人心中生出万般悲凉。
女娲挺身而出，召集九州群仙，于九州上空拦截外泄的灵气，凝聚成石，筑成九州壁垒，纵封四野，上罩苍穹。
数日之功，封锁住四方诸天，守护了盘古之源。又集群仙之力，在壁垒外同施无上仙法，将九州无限凝缩。此后的九州大地，在壁垒内部，无边辽阔，在壁垒外，如一粒尘埃。
众神在九州壁垒外另立乾坤，重建新世界，又将洪水引入壁垒外，化作海洋。新世界依旧命名九州。为了和原始的九州区分，原来称作太古九州或盘古大陆。新世界被后世称作地球，盘古大陆便永远隐匿在地心之中。
两方世界恢复平静，伏羲在盘古大陆摆下八卦截仙阵，镇压共工防止他恢复修为再生事端，但同时此阵也拦截了后世的修仙之路。
众神商议分工，由帝喾、羲和、常曦、伏羲、女娲、后土、梼杌、穷奇八位太古神镇守大阵，其余众神尽数退出盘古大陆。
后来，蚩尤之魂再度修成肉身，被神农、轩辕二人也送入盘古大陆。从此以后，盘古大陆逐渐衍生为诸神遭贬之地，而大陆的入口唯有昆仑洞天。如果想回到外面的世界，除非有高于截仙大阵的实力。
昊天上帝也因为出了此次巨变，难辞其咎，退下帝位。西王母之子张玉皇修为有成，品行极佳，被众神推举为第三代天庭之主。东极青华大帝见六御已去其一，其余四位全是太古大神，自行请辞，变六御为四御。
到了后世，盘古大陆之事日渐辛秘，所知者寥寥无几。当年参与者虽然不少，但多数仙人都没有修成五行境，到了寿纪，难逃转世轮回的命运。陈年旧事便在一代又一代的传说中逐渐被遗忘。